Евгений Набойченко покинул "Астану"
В 1989 году Евгений подписал первый профессиональный контракт с ашхабадским «Копетдагом», в его составе пять раз выигрывал Кубок и пять раз становился чемпионом Туркменистана. В 1999 году перебрался в Чемпионат Казахстана, в алматинский «Кайрат». За алматинский клуб провёл более 140 матчей, выиграл чемпионство в 2004 году, серебряные и бронзовые медали, три раза становился обладателем Кубка Казахстана. Позже выступал за «Мегаспорт» и «Астану».
С 1997 года по 2004 год играл за Национальную сборную Туркменистана. В составе сборной Туркменистана, участвовал в Кубке Азии 2004 года.
После завершения карьеры футболиста, занялся тренерской работой. В 2009 году работал в столичном «Локомотиве».
С 2012 по 2015 год работал в тренерском штабе «Актобе». С 2016 года был тренером вратарей столичной "Астаны".
| № | Команда | И | М | О |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Қайрат | 24 | 39-21 | 47 |
| 2 | Астана | 24 | 39-19 | 46 |
| 3 | Ақтөбе | 24 | 39-26 | 43 |
| 4 | Ордабасы | 24 | 36-24 | 42 |
| 5 | Тобыл | 24 | 33-23 | 39 |
| 6 | Елімай | 24 | 35-32 | 37 |
| 7 | Атырау | 24 | 28-20 | 35 |
| 8 | Қайсар | 24 | 28-29 | 34 |
| 9 | Қызылжар | 24 | 29-26 | 29 |
| 10 | Жеңіс | 24 | 18-32 | 24 |
| 11 | Жетісу | 24 | 17-33 | 23 |
| 12 | Тұран | 24 | 16-39 | 20 |
| 13 | Шахтер | 24 | 12-45 | 10 |
